Puisqu’il est venu pour la rémission des péchés, Jésus pardonne les péchés ; et l’évangile nous montre qu’un certain nombre de personnes ont bénéficié de la joie de voir leurs péchés pardonnés, ainsi le paralysé de Capharnaüm, la pécheresse venue répandre un flacon de parfum sur les pieds de Jésus et sans doute aussi la femme adultère et Zachée. Mais c’est après la mort et la résurrection de Jésus que les portes de la rémission des péchés se sont ouvertes. Aussi, le soir même de sa résurrection, Jésus donne à ses apôtres le pouvoir de pardonner les péchés en son nom. "Recevez l'Esprit Saint. Ceux à qui vous remettrez les péchés, ils leur seront remis. Ceux à qui vous les retiendrez, ils leur seront retenus." (Jean 20/21-23)
On entend des gens dire qu’ils n’ont pas besoin de se confesser à un homme, ils se confessent directement à Dieu. Il est vrai que le psaume 50 dit, au verset 19 : « Dieu, tu ne rejettes pas un coeur brisé et broyé" et l’attitude de repentir du pécheur qui se tourne vers Dieu pour implorer sa miséricorde est tout à fait saine. Mais s’il suffisait de se tourner vers Dieu pour obtenir la rémission de ses péchés, pourquoi Jésus aurait-il donné à son Eglise, avec tant de solennité, le pouvoir de pardonner les péchés ?
Certaines confessions religieuses, qui n’admettent pas le sacrement de pénitence, prétendent que le pouvoir de pardonner les péchés, donné aux apôtres, ne concerne que le baptême. Mais le baptême n’est pas mentionné ici et ce passage doit être rapproché de Matthieu 18/18 où Jésus donne à ses apôtres le pouvoir de lier et délier en son nom. Il faut remarquer aussi qu’à la fin de son récit de la guérison du paralysé de Capharnaüm, Matthieu mentionne la réaction des assistants en disant : « En voyant cela, les foules furent saisis de crainte, elles rendirent gloire à Dieu pour avoir donné un tel pouvoir aux hommes. » (Matthieu 9/7). Pour Matthieu, en guérissant ce paralysé comme signe prouvant qu’il avait vraiment le pouvoir de pardonner les péchés, Jésus anticipe le temps où l’Eglise pardonnera les péchés en son nom. Cette réflexion attribuée par Matthieu à la foule montre, qu’au temps où il écrivait son évangile, l’Eglise accordait son pardon aux pécheurs repentants.