Le P.Coudrin le désigne comme Préfet apostolique de cette première Mission ad extra confiée à la Congrégation par le Saint-Siège.
« Il n'y a pas longtemps, lui écrit-il, le 17 octobre 1825, que j’ai reçu du Cardinal Préfet de la Propagande une demande de quelques missionnaires pour les Iles Sandwich... J’ai promis à la Propagande trois missionnaires et j’ai jeté les yeux sur vous pour être un des trois. Je ne prétends pas, cependant, vous y obliger en vertu de la sainte obéissance. » (BP 1069)
Quelle foi et quelle audace ! Le Fondateur jette sur les routes de l’Évangile son jeune protégé qui ne connaît du monde que les murs des couvents-collèges de l’Institut. Sans hésiter, avec la foi de Simon-Pierre, Alexis se jette à l’eau pour rejoindre le Christ qui l’appelle sur de nouveaux rivages.
Le 1er février 1826, le Fondateur remet au nouveau Préfet Apostolique les pouvoirs reçus de Rome et lui demande de le bénir. Vivement ému, Alexis « obéi, raconte le P. Hilarion Lucas, et le patriarche Jacob reçoit la bénédiction de Benjamin. »
Il faudra près d’une année pour organiser le voyage vers la nouvelle Mission. Enfin, le 13 septembre 1826, au cours d’une célébration émouvante d’envoi en Mission, le Bon Père embrasse les pieds des cinq nouveaux missionnaires revêtus de l’habit blanc. (Avec Alexis Bachelot (30 ans), les Pères Patrice Short (Irlandais de 34 ans), Abraham Armand (Ardéchois de 50 ans), le frère de chœur Théodose Boissier (Auvergnat de 25 ans), et les frères convers Melchior Bondu (de la Sarthe, 35 ans) et Léonard Portal (du Quercy, 28 ans).
La petite équipe missionnaire embarque à Bordeaux sur la Comète, le 20 novembre 1826.
L’heure des adieux invite aux confidences où se dévoilent les ressorts profonds de nos choix. Au moment de monter sur le bateau, Alexis jette quelques lignes sur le papier pour le P. Hilarion et les frères de Picpus :
« Le cœur est un peu gros, écrit-il. Nous ne laissons pas de quitter les côtes de France avec joie. Depuis longtemps, notre cœur y était préparé et quoiqu’ait pu faire la nature, nous ne nous repentons point de notre sacrifice. La seule grâce que nous demandons au bon Dieu, c’est qu’il daigne nous maintenir en son saint Amour. Si nous l’avons nous n’aurons rien à craindre... Rien, nous l’espérons, ne nous fera regretter de nous être jetés dans ses bras. Nous comptons beaucoup sur les adorateurs et les adoratrices. » (Hilarion Lucas, Histoire de la Mission des Iles Sandwich, Sources SS.CC. 2, p. 50)
Sous la plume du disciple bien-aimé ne croirait-on pas lire le Fondateur ?
Le voyage est long. Les missionnaires atteindront Honolulu le 7 juillet 1827 après avoir fait relâche à Valparaiso (Chili), à Quilca, à Callao (Pérou) et à Matzalan (Mexique) - Il existe une relation détaillée de ce voyage et des premiers temps de la mission jusqu'en 1827 dans un Journal de bord que le P. Bachelot destinait au P. Coudrin. Le Père Hilarion le cite abondamment dans son histoire de la Mission des Iles Sandwich.
Sur ces rivages paradisiaques, les prêtres catholiques ne sont pas les bienvenus. Les missionnaires méthodistes américains les ont précédés d’une dizaine d’années et ont l’oreille de la famille royale. Sans doute, comme le reconnaît Alexis, l’Évangile a-t-il été annoncé dans les îles. Une partie du travail est fait... mais il y a bien des erreurs et des préjugés à corriger ! La population, qui n’a qu'une estime modérée pour les ministres protestants, fait bon accueil aux arrivants. Mais sous la menace d’une expulsion, la petite communauté en mission mène une vie quasi clandestine sur le lopin de terre qu'elle a pu obtenir.
Cependant, à peine installés, les missionnaires n’hésitent pas à organiser une journée d’Adoration perpétuelle, la première en ces lieux : « Depuis notre arrivée, écrit Alexis, nous n’avions pu remplir que pendant le Saint Sacrifice une des obligations les plus saintes de notre Institut, celle d’adorer le Saint Sacrement. Nous crûmes que malgré la pauvreté du local, nous pouvions et nous devions remplir ce devoir, le jour de l’Assomption de la Sainte Vierge. » (15 août 1827) (Histoire de la mission des Iles Sandwich, p. 85)
On imagine sans peine la teneur de la prière de ces pionniers !
L’apprentissage laborieux de la langue rend difficile les contacts avec les gens. Les circonstances obligent les missionnaires à une pastorale de proximité et du témoignage : on essaie d’instruire de la Foi catholique les personnes qui viennent par curiosité ou sympathie aux offices et les frères convers travaillent à l’extérieur pour subvenir aux besoins matériels de la communauté. Ainsi, sans bruit, se tisse lentement un réseau de sympathisants.
Le pauvre Préfet, quant à lui, se plaint au Fondateur qu'il ne progresse pas assez vite dans l’apprentissage de la langue. De plus « il a ses petites peines que le bon Dieu connaît et il s’en crée un bien plus grand nombre. Tout les distrait et il a tout lieu de connaître et de sentir sa faiblesse. Il trouve sa consolation dans la miséricorde du bon Dieu et dans la grande vertu de ses frères. » (Lettre au BP, 14 avril 1828, des Lettres et Écrits concernant les missions confiées à la Congrégation des SS.CC., Documents d’Archives, p.1)
Dans ses longues lettres au Fondateur, Alexis se révèle être un fin observateur des mœurs hawaïennes à l’esprit ouvert et bienveillant. L’intellectuel qu'il est, manifeste une connaissance très précise des besoins matériels de la mission dont il se fait l’écho auprès de la Bonne Mère qui en est le procureur attitré et avisé.
Notons au passage que si cette abondante correspondance fournit de précieux témoignages sur la vie de Mission, elle traduit aussi un fort souci de communion fraternelle. Même séparés par des milliers de kilomètres, quel réconfort pour Alexis et ses compagnons de se sentir toujours de la famille !
Le 29 novembre 1827, le Préfet apostolique célèbre, enfin, le premier baptême catholique.
Dès que les néophytes affluent, l’influent pasteur Bingham s’agite et les tracasseries reprennent. Les nouveaux convertis en sont la cible. Mais la prison et les coups n’auront pas raison de leur persévérance. Il est, donc, urgent de se débarrasser des missionnaires catholiques. Le Préfet Apostolique tente de multiples démarches auprès des autorités. Bingham veille à ce qu'elles n’aboutissent pas.
Pour ajouter au poids de sa croix, la petite communauté souffre de quelques tiraillements internes. Dans une lettre très détaillée datée du 15 septembre 1828 (Documents d’archives, p.72) Alexis s’en ouvre au Bon Père. Le P. Abraham Armand, l’aîné du groupe, s’estime tyrannisé par son Supérieur ! Il est vrai « qu' il ne raisonne pas quand il a quelque chose en vue ! » Le pauvre Préfet souffre de se voir attribuer injustement le rôle de bourreau du premier martyr de la mission qui envisage le retour en Europe. Entraîné par son aîné, le frère Théodose ne manque pas de doléances : « Ce sont deux membres dérangés dont le corps souffre, note Alexis. »
Finalement, sans attendre un rappel de Paris, les deux trublions quittent les îles... avec la bénédiction du Préfet Apostolique ! La petite famille se réduit : en décembre 1831, le frère Léonard Portal rejoint, lui aussi, la France.
Les ennemis de la Mission vont porter ce qu’ils pensent être le coup de grâce à cette entreprise papiste. Le 24 décembre 1831, les Pères Alexis Bachelot et Patrice Short sont embarqués de force sur le Wawerlay à destination de la Californie. Le frère Melchior considéré comme laïc, échappe à l’expulsion. Pendant près de cinq années, il va assumer, seul, l’animation de la petite communauté catholique en butte à toute sorte de vexations.
Pendant ce temps, les exilés sont déposés sur une plage isolée de la côte californienne (aujourd’hui Long Beach !). Les Pères franciscains qui ont entrepris l’évangélisation de cette région depuis une soixantaine d’années sont au courant de leurs mésaventures et les accueillent à bras ouverts. Ces jeunes missionnaires seront un précieux renfort pour les missionnaires franciscains peu nombreux et âgés.
En attendant des jours meilleurs Alexis prend en charge la Mission de San Gabriel qui compte 2 000 âmes et un nombre honorable de bêtes à cornes (16 500 !). En 1833, la localité voisine en pleine expansion nécessite un prêtre résident : Alexis devient le premier Curé de Los Angeles !
Cependant, son cœur est constamment tourné vers les îles : « ...Cette contrée restera sans secours, le jour où je me retirerai. Néanmoins, cette considération ne m’arrêtera pas un seul instant dès que je verrai que la porte des îles est ouverte. Mais je ne pourrai peut-être pas y entrer. Que la volonté de Dieu soit faite ! » (Lettre du 19 septembre 1835, Histoire de la Mission des Iles Sandwich, p. 201, 202)
À cette époque arrive en Californie, venant des Gambier, le P. Colomban Murphy, porteur d’un message du Pape Grégoire XVI. Le Préfet Apostolique en exil en prend connaissance à genoux : « Vous et vos compagnons, lit-il, qui avez tant souffert pour le nom de Jésus Christ, acceptez l’assurance de notre paternelle affection. Nous avons pris connaissance de vos travaux apostoliques réalisés dans les îles,... de la constance de vos néophytes, des persécutions dont vous avez souffert, de votre déportation et aussi des efforts que vous faites pour y rentrer. Nous vous exhortons à ne pas abandonner la cause de Dieu et celle des âmes, à continuer avec courage et prudence l’œuvre commencée... » (Bref du 2 octobre 1833, Arch. SS.CC. 1-1-4E.3)
Alexis se relève avec la conviction que « sa pauvre Mission se maintiendra... Il m’a semblé en la lisant (la lettre pontificale) que Dieu me disait va et j’arrangerai tout. » (Histoire de la Mission des îles Sandwich, lettre du 9 novembre 1836, p. 214)
De fait, en mars 1837, une occasion se présente. Un mois plus tard nos exilés sont à Honolulu. La pression des ministres protestants sur les autorités persiste. Les missionnaires catholiques ne sont toujours pas les bienvenus. Après maintes péripéties ou le cocasse le dispute au tragique, le P. Short s’embarque pour Valparaiso. Le 23 novembre 1837, le Préfet Apostolique doit se résoudre à quitter sa mission. Malade, il est transporté de force sur une goélette, propriété de la Mission, qui doit se rendre d’abord aux Gambier et de là à Valparaiso. Le futur Vicaire apostolique Désiré Maigret qui lui succédera comme chef de la jeune Église des Hawaii en 1844, l’accompagne.
Alexis ne reverra plus sa part de la vigne du Seigneur. Après quelques jours de navigation son état s’aggrave. Il meurt en pleine mer, le 5 décembre 1837, à 2 heures de la nuit. Cette année-là, à cette date l’Église fêtait saint François Xavier. Il était dans sa 42ème année.
Le 14 décembre, le P. Maigret procède à son inhumation sur l’île de l’Ascension (Archipel des Carolines).
Jusqu' à ce jour, malgré les recherches entreprises par le diocèse d’Honolulu, on n’a pas retrouvé sa tombe. L’Église qui est née aux Hawaii n’a pas la consolation de conserver les restes de son premier Père dans la Foi. Tel le Serviteur qu’il a voulu suivre jusqu' au bout, il a consommé son sacrifice hors des murs de la Cité.
« La pierre qu’ont rejeté les bâtisseurs, c’est elle qui est devenue la pierre angulaire c’est là l’œuvre du Seigneur ; Quelle merveille à nos yeux ! » (Ps 118/22-23)